・総務局
総務部、経理部、厚生部、資料部
・国内教会局
北日本ブロック（北海道教区／東北教区／北関東教区）
関東南ブロック（東関東教区／東京教区／神奈川教区）
中部ブロック（静岡教区／中京教区／北越教区）
西日本ブロック（近畿教区／大阪教区／中国教区）
南日本ブロック（四国教区／北九州教区／南九州教区／沖縄教区）
女性牧師部
・世界宣教局
フィールド担当部、支援部、広報部、庶務部
・教育局
教育部、壮年部、女性部、青年部、教会学校部、庶務部
中高生キャンプ（とにキャン）委員会
・聖宣神学院
・出版事業部
企画編集課、業務課、讃美歌企画課、版権管理課
・女性牧師ホーム委員会
・進学支援委員会
・責任役員会
・人事委員会
・財務委員会
・厚生委員会
・会堂委員会
・条例審議委員会
・教職試験委員会
・宣教研究委員会
・神学委員会（神学部会、聖書部会）
・選挙管理委員会
・監事